High Performance Computing System
DESCRIZIONE DEL SISTEMA
HARDWARE
Il sistema è composto da:
- Un nodo di login DELL PowerEdge T110II: 1X Intel(R) Xeon(R) E3-1230 @ 3.20GHz 4C/8T - 8 GB di LV RAM DDR3 @ 1333MHz
- Un nodo di calcolo DELL PowerEdge R410: 2X Intel(R) Xeon(R) X5650 @ 2.66GHz 6C/12T - 32 GB di LV RAM DDR3 @ 1333 MHz con ECC
- Due nodi di calcolo DELL PowerEdge R410: 2X Intel(R) Xeon(R) X5645 @ 2.40GHz 6C/12T - 24 GB di LV RAM DDR3 @ 1333 MHz con ECC
- Storage: 1TB di spazio condiviso protetto in RAID10 + 6TB di spazio su unitià di storage esterna per l'archiviazione.
- Rete: i nodi sono interconnessi da una rete ethernet 1Gb.
ENVIRONMENT
La distribuzione di Linux installata è Ubuntu Server 10.04 (per ogni informazione consultare il sito ufficiale). Prossimamente verrà istallato OpenMPI.
SPAZIO DI STORAGE
Ogni utente ha a disposizione:
- una directory home (path: /giorgio/home/<userid>)
- una directory di archiviazionie (path: /giorgio/data/<userid>)
- una directory di scratch condivisa (path: /giorgio/scratch/<userid>).
JOB MANAGEMENT
Essendo il sistema condiviso tra gli utenti, l'esecuzione dei processi di ogni utente viene amministrata dal gestore delle code PBS/Torque 3.0.2.
A questo indirizzo sono disponibili i comandi base per l'esecuzione dei processi e alcuni esempi illustrativi. Per ulteriori informazioni consultare questo link.
COMPILATORI
Nel sistema sono istallati tutti i compilatori previsti dal pacchetti GCC-4.1.3 e GCC-4.4.3.
SOFTWARE INSTALLATI
Lista dei software installati:
- R 2.10 (con i seguenti packages) - Ambiente per l'analisi statistica
- Python 2.6.5 (con i sequenti moduli)
- ABCToolbox v1.0 - Insieme di programmi per l'Approximate Bayesian Computation
- Arlsumstat - Versione di Arlequin ad hoc per l'Approximate Bayesian Computation
- Arlecore v3.5.1.2 - Arlequin per linux
- BayeSSC - Simulatore coalescente che integra le serie temporali
- Fastsimcoal - Simulatore coalescente ottimizzato per simulare grandi quantità di dati
- Beast v1.6.1 - Programma bayesiano per l'analisi di sequenze di DNA
- IM - Programma bayesiano per l'analisi del modello demografico "Isolation with Migration"
- MSVAR v1.3 - Programma bayesiano per l'analisi demografica di dati genetici (microsatelliti)
- SimuPOP v1.0.6 - Ambiente per la simulazione forward-time di popolazioni
- NumPy - Librerie matematiche per python
- Velvet v1.2.07 + Stacks v 0.9995 - Software per l'analisi di dati provenienti da "RAD tag sequencing"
MODALITA' DI ACCESSO
Il sistema è da ritenersi ad uso esclusivo del personale autorizzato. Per poter accedervi è necessario ottenere l'autorizzazione compilando il form disponibile a questo indirizzo.
Il sistema è raggiungibile, tramite protocollo SSH dall'interno della rete UNIFE.
RESPONSABILE SCIENTIFICO: Giorgio Bertorelle - email: ggb@unife.it
RESPONSABILE TECNICO: Andrea Benazzo - email: bnzndr@unife.it
FONDI: EU,FP7 to G.Bertorelle