High Performance Computing System

Breve descrizione del sistema, della sua organizzazione e del metodo di accesso

DESCRIZIONE DEL SISTEMA

HARDWARE

Il sistema è composto da:

  • Un nodo di login DELL PowerEdge T110II: 1X Intel(R) Xeon(R) E3-1230 @ 3.20GHz 4C/8T - 8 GB di LV RAM DDR3 @ 1333MHz
  • Un nodo di calcolo DELL PowerEdge R410: 2X Intel(R) Xeon(R) X5650 @ 2.66GHz 6C/12T - 32 GB di LV RAM DDR3 @ 1333 MHz con ECC
  • Due nodi di calcolo DELL PowerEdge R410: 2X Intel(R) Xeon(R) X5645 @ 2.40GHz 6C/12T - 24 GB di LV RAM DDR3 @ 1333 MHz con ECC
  • Storage: 1TB di spazio condiviso protetto in RAID10 + 6TB di spazio su unitià di storage esterna per l'archiviazione.
  • Rete: i nodi sono interconnessi da una rete ethernet 1Gb.

ENVIRONMENT

La distribuzione di Linux installata è Ubuntu Server 10.04 (per ogni informazione consultare il sito ufficiale). Prossimamente verrà istallato OpenMPI.

SPAZIO DI STORAGE

Ogni utente ha a disposizione:

  • una directory home (path: /giorgio/home/<userid>)
  • una directory di archiviazionie (path: /giorgio/data/<userid>)
  • una directory di scratch condivisa (path: /giorgio/scratch/<userid>).

JOB MANAGEMENT

Essendo il sistema condiviso tra gli utenti, l'esecuzione dei processi di ogni utente viene amministrata dal gestore delle code PBS/Torque 3.0.2.

A questo indirizzo sono disponibili i comandi base per l'esecuzione dei processi e alcuni esempi illustrativi. Per ulteriori informazioni consultare questo link.

COMPILATORI

Nel sistema sono istallati tutti i compilatori previsti dal pacchetti GCC-4.1.3 e GCC-4.4.3.

SOFTWARE INSTALLATI

Lista dei software installati:

  • R 2.10 (con i seguenti packages) - Ambiente per l'analisi statistica
  • Python 2.6.5 (con i sequenti moduli)
  • ABCToolbox v1.0 - Insieme di programmi per l'Approximate Bayesian Computation
  • Arlsumstat - Versione di Arlequin ad hoc per l'Approximate Bayesian Computation
  • Arlecore v3.5.1.2 - Arlequin per linux
  • BayeSSC - Simulatore coalescente che integra le serie temporali
  • Fastsimcoal - Simulatore coalescente ottimizzato per simulare grandi quantità di dati
  • Beast v1.6.1 - Programma bayesiano per l'analisi di sequenze di DNA
  • IM - Programma bayesiano per l'analisi del modello demografico "Isolation with Migration"
  • MSVAR v1.3 - Programma bayesiano per l'analisi demografica di dati genetici (microsatelliti)
  • SimuPOP v1.0.6 - Ambiente per la simulazione forward-time di popolazioni
  • NumPy - Librerie matematiche per python
  • Velvet v1.2.07 + Stacks v 0.9995 - Software per l'analisi di dati provenienti da "RAD tag sequencing"

MODALITA' DI ACCESSO

Il sistema è da ritenersi ad uso esclusivo del personale autorizzato. Per poter accedervi è necessario ottenere l'autorizzazione compilando il form disponibile a questo indirizzo.

Il sistema è raggiungibile, tramite protocollo SSH dall'interno della rete UNIFE.

 

RESPONSABILE SCIENTIFICO: Giorgio Bertorelle - email: ggb@unife.it
RESPONSABILE TECNICO: Andrea Benazzo - email: bnzndr@unife.it 
FONDI: EU,FP7 to G.Bertorelle